Rudolf Hubert hat nach der kirchlichen Fürsorger-Ausbildung in Magdeburg als Sozialarbeiter und dann gut zwei Jahrzehnte lang als Kreisgeschäftsführer der Caritas in Nordwestmecklenburg (heute: Region Schwerin) gearbeitet. Er hat viele der Einrichtungen und Dienste, die heute in der Caritas Schwerin nicht mehr wegzudenken sind, mit ins Leben gerufen.
Zugleich hat sich Rudolf Hubert intensiv mit der Theologie caritativen Handelns beschäftigt. Namentlich die Schriften von Karl Rahner, Eugen Drewermann, Reinhold Schneider und Hans-Urs von Balthasar sind für ihn grundlegend für ein sozial tätiges, Menschen in Not helfendes Verständnis von Glauben und Kirche. Er hat sich als Interpret vor allem der Werke Karl Rahners einen Namen gemacht und eigene Werke zu diesem Thema verfasst.
Rudolf Hubert ist verheiratet mit Maria Hubert. Sie haben vier erwachsene Kinder und sechs Enkelkinder.